4 takımlı 5 grup ve 3 takımlı 1 grup olmak üzere toplam 6 grupta tek devreli lig usulünde gerçekleştirilen müsabakalar, Ankara, Erzurum, Kocaeli, Malatya ve Nevşehir illerinde düzenlendi.
24-26 Mayıs tarihlerinde oynanan 1. Eleme Turu grup müsabakaları sonunda gruplarını ilk iki sırada tamamlayan Bingöl Gençlik Spor, Alesta Gençlik Spor, Arnavutköy Belediye Spor, Diyarbakır Alipaşaspor, Adana Seyhan Belediyespor, Erdoğduspor, Kumbağ, Ovacık Gençlik Spor, Hankendi Belediyespor, Birlik Gençlik Spor, Osmanlıspor ve Yakutiyespor ile eleme turunun en iyi dört üçüncü takımı olan Karsspor, Güzelbahçe Belediyespor, Palandöken Belediye Spor ve Karasu Kültür Gençlik Spor kulüpleri 2. eleme turunda mücadele etmeye hak kazandı.
2016-17 sezonu Futsal Ligi 2. Eleme Turu; 2 farklı merkezde, 4-7 Haziran ve 5-8 Haziran 2017 tarihlerinde, 4 grupta, tek devreli lig usulünde oynanacak.